Az első modern kori magyar folyami hadihajós alakulat az 1848/49-es forradalom és szabadságharc idején került felállításra. A 19. század elején Ausztriának szüksége volt egy, a kornak megfelelő folyami flottára, ezért 1830-ban bécsi székhellyel részvénytársaságot hoztak létre a pénzügyi alapok megteremtésének érdekében. Ez volt a Dunagőzhajózási Társaság (DGT), mely forradalmasította az Osztrák Birodalmon belül a folyami hajózást. 1835-re a Társaság 1 tengeri és 4 folyami gőzössel rendelkezett. 1848-ban a Batthyány-kormány fegyverezte fel az első dunai gőzhajót, a Franz I-t, azzal az indokkal, hogy ezzel meg tudja védeni a magyar kormány a DGT hajóit az Al-Dunán fellázadt titeli szerb lázadókkal szemben. Emellett a Dunán további 10, a Tiszán pedig 5 hajót, valamint több kisméretű uszályt és egy nagy vontatógőzöst alakítottak át hadi célra. A szabadságharc leverését követően leszerelték ezeket a hajókat, ezt követően sokáig nem volt folyami hadihajó a Birodalom folyóin, egészen 1871-ig.
1871-ben a cs. és kir. haditengerészeten belül létrejött a dunai flottilla Budapest központtal, azon belül pedig a Budapesti Tengerészeti Különítmény, mely irányította a folyami flottát. Az új flotta feladata a folyamvédelem volt a Monarchia folyóin, hajóarzenálját az új, modern monitorok és őrnaszádok alkották. Később ezutóbbi hajók képezték a Horthy-korszak Folyamőrségének gerincét.
A naszádok már a vitorlások korában megjelentek, mint kisebb méretű és merülésű hajók, melyek könnyebb tüzérségükkel és gyorsaságukkal segítették a nagyobb hadihajókat. Nagy előnyük volt az olcsóbb és gyorsabb elállíthatóság. A később torpedóval és modern tűzfegyverekkel – ágyúkkal, géppuskákkal – felszerelt hajók hatékonyan vettek részt mind a tengeri, mind a folyami harcászatban egyaránt. A folyami őrnaszádok alapvetően kisméretű, alacsonyabb merülésű hajók voltak. Átlagos hosszuk 40 és 50 m között mozgott, szélességük 6 m, merülésük 1 m volt. A hajótest lemezeinek vastagsága 2,5-3,3 mm vastagok, az oldallemezek teljes hosszában 7,5 mm-esek, a gépházakat 12 mm-es speciális krómnikkel páncéllemezekkel borították. A hajók övvértje 200 mm-rel nyúlt a vízszint alá. A fedélzetek 5,5 mm-es speciális krómnikkelből készültek. A felépítmények 7,5 mm-es oldallemezekkel és 5,5 mm-es felső, speciális krómnikkelből, a parancsnoki tornyok 10-12 mm-es krómnikkelacélból készültek. Fegyverzetük 7-8 cm űrméretű, H/26 ikerlövegből, illetve 2-3 db 7/12 M Schwarzlose 8 mm űrméretű géppuskából állt.
Az Osztrák-Magyar Monarchia egy kifejezetten fejlett, erős folyami flottillával rendelkezett. Hajóállományába 1918. november 1-én 10 monitor, 8 őrnaszád, 2 páncélos motorcsónak, 2 felfegyverzett gőzös, 6 gőzös, 1 tengeralattjáró, 1 siklócsónak, 9 motoros naszád, 1 motoruszály, 7 személyszállító gőzcsónak, 2 gőzcsónak, 21 uszály, 3 tender (8-14 legkisebb kaliber ágyúval felszerelt hadivitorlás), valamint 8 bérelt uszály tartozott. Ez a flottilla tevékenyen részt vállalt az első világháborúban, harcolt a Szerbia és Románia elleni hadjáratban, néhány monitor a Fekete-tengeren és Oroszország ellen is teljesített szolgálatot.
1918. november 3-án Padovában köttetett meg a fegyverszünet a Monarchia és az antant országai között. Ezzel a Monarchia számára véget ért az első világháború. November 6-án végleg levonták a Monarchia piros-fehér-piros lobogóját. Ez az egyezmény előírta, hogy a Monarchiának 6 monitort kellett átadnia az antant országainak. Végül 5 monitorra és 2 őrnaszádra módosult a kérés, mivel az antant megbízottjai szerint egy monitor 2 őrnaszád értékének felelt meg. A kért hajókat Belgrádban kellett átadni. Közben Magyarország november 16-án kikiáltotta függetlenségét és a Károlyi-kormány december 20-ára átadta a kért hajókat.
1919. január 8-án a katonai misszió vezetője, Vix alezredes kérte a Károlyi-kormány hadügyminiszterét, Festetics Sándort, hogy fegyverezzék le a flottilla megmaradt hajóit. Azonban ezt a legénység megtagadta, ezért azt brit tengerészek végezték el, majd szállították el a felszerelést a demarkációs vonalon túlra, először Bajára, majd Újvidékre.
A kizárólag Magyarország tulajdonába került flottilla legénységének létszáma a felére csökkent. Ez elsősorban a hatalomra kerülő Károlyi-kormány pacifista politikájának következménye volt.
1919. március 21-én kikiáltották a Tanácsköztársaságot. Az új rendszer dunai flottillájába 4 monitor, 6 őrnaszád, 1 tengeralattjáró, 26 motorcsónak, 5 bérelt gőzös és 16 uszály tartozott. Mivel ezeket a hajókat az antant kérésére korábban leszerelték, ezért az új rendszer, bár nem túl erős tüzérséggel, de újra fegyverezte. A hajók részt vettek a cseh-szlovák csapatok támadásának megállításában a Duna Komárom és Esztergom közti szakaszán. Június 24-én Budapesten kitört az ún. ludovikás ellenforradalom, melyhez a dunai flottilla egy része is csatlakozott, ezért nevezik az eseményt „monitor lázadásnak”. Két monitor és három őrnaszád vett részt a megmozdulásban. A hajók levonták a vörös lobogót és felhúzták a piros-fehér-zöld nemzetit. Az egyik őrnaszád több lövést adott le a Szovjet-házra (Hungária Szálló), mely a kommunisták központja volt. A támadást heves ellentámadás követte, ami miatt elvonultak a hajók. Ezt követően a résztvevő hajók az antant által megszállt Bajára indultak, hogy utánpótlást tudjanak felvenni a kommunisták elleni harc folytatásához az ott fekvő hadihajóbázistól. A lázadást 26-ára leverték, az antant pedig Baján elkobozta a hajókat.
A Tanácsköztársaság 1919. augusztus 1-én véget ért. Horthy Miklós a Nemzeti Hadsereg élén november 16-án bevonult Budapestre, 1920. március 1-én pedig a Nemzetgyűlés kormányzóvá választotta. A Dunaflottillának ekkor nem voltak hajói, viszont tengerészek szolgáltak a kikötőkben. Az átalakított Honvédelmi Minisztériumon (továbbiakban HM) belül létrehozták a 11. osztályt, mely a hadihajózással foglalkozott. A március 1-én kelt hadrend szerint Budapesten, Esztergomban és Gönyűn hadihajós állomásparancsnokság jött létre. Augusztus 1-én a hadihajózás tisztikara 111 főből, legénysége 650 főből állt.
1920. június 4-én írták alá a trianoni békeszerződést, amellyel az ország nem csupán területének kétharmad részét vesztette el, hanem a hadseregét is erősen korlátozták. A magyar haderő létszámát 35.000 fő önkéntes állományban maximálták, ezen felül megtiltotta a harckocsik, a nehéztüzérség, a géppisztolyok, valamint a katonai repülőgépek rendszeresítését. A békeszerződés rendelkezett a dunai flottilláról is. E szerint minden megmaradt monitort, torpedóhajót és felfegyverzett vízi járművet át kellett adni a Szövetséges - és Társult Főhatalmaknak. Mindemellett az országnak jogában állt a dunai folyamrendőri szolgálat céljaira három felderítő őrnaszádot fenntartani, amely később négyre módosult.
A magyar vezérkar 1920 októberében úgy határozott, hogy az eddigi hadihajózás átszervezésre kerül. Ezt elsősorban a trianoni béke katonai szabályzása miatt kellett végrehajtani, mivel az tiltotta a Magyar Királyság számára a folyami hadihajók fenntartását. A magyar kormány 1921. március 1-i hatállyal felállította a hivatalosan a belügyminisztérium (BM), gyakorlatilag a HM alá tartozó Magyar Királyi Folyamőrséget. A Folyamőrség létszámát eredetileg 5000 főre tervezték, azonban a békeszerződés csupán 3400 főt engedélyezett. A pénzügyi nehézségek miatt ezt a létszámot sosem sikerült elérni a korszakban. A költségvetésben évekig csak 1947 fő szerepelt a folyamőrségnél, amely egy rádióiskolába (híradószázad), egy utászzászlóaljba és egy folyamőr-légvédelmi tüzérosztályba tagozódott. A törvény értelmében a folyamőrség összesen 8 őrnaszáddal rendelkezhetett, melyek vízkiszorítása nem haladhatta meg a 128 tonnát, és az úszóegységeknek összesen 21 db 7 cm-es, 3 db 4,7 cm-es ágyú, valamint 35 db géppuska lehetett felszerelve. Emellett engedélyezett még 2 db 20-30 tonna és 10 db 12-20 tonna vízkiszorítású gépfegyverrel felszerelt motorcsónakot is.
A Folyamőrség a Belügyminisztérium alá tartozott. Egy belügyminiszteri rendelet szerint a folyamőrség feladata a közbiztonság fenntartásán kívül a csempészet és kémkedés megakadályozása, a hajóforgalom, a halászat, a vízi vadászat és a fürdés ellenőrzése. A folyamrendészeti szolgálathoz tartozott a révkapitányság, a rendész század (1927-től zászlóalj), a törzsszázad, a zászlóalj törzs- és parancsnokság. Az alábbi helyeken alakítottak ki állomáshelyeket: Szeged, Mohács, Barcs, Budapest, Szob, Esztergom, Nyergesújfalu (Piszke), Komárom és Gönyű.
Valójában a Folyamőrség a honvédség szerves részét képezte, és mint annak egyik fegyvernemének, fel kellett készülnie a folyami harcokra. E szempont alapján dolgozták ki szigorúan titkos és bizalmas szabályzatát, amelyet a trianoni béke egyezményeinek betartását felügyelő Szövetséges Ellenőrző Bizottság (SZEB) 1927. évi távozását követően egyre bátrabban változtattak. E szabályzat szerint – a törvényben meghatározottakkal ellentétben - a honvédelmi miniszter a Folyamőrség legfelsőbb katonai elöljáró hatósága, így azzal a legfelsőbb fokon a honvédség főparancsnoka, Horthy Miklós kormányzó rendelkezett.
A Folyamőrség rendfokozati rendszere 1921 - 1938 között az alábbi módon állt fel: vezérfőkapitány, vezérkapitány, főkapitány, I. o. törzskapitány, II. o. törzskapitány, főhadnagy, hajónagy, hajógyakornok, alhajónagy, tiszthelyettes, törzsőrmester, hajómester, negyedes, rajos, I. o. folyamőr, II. o. folyamőr. Ez 1939 – 1944 között az alábbi módon módosult: vezérfőkapitány, vezérkapitány, főtörzskapitány, törzskapitány, törzsalkapitány, kapitány, főhajónagy, hajónagy, zászlós, alhajónagy, főtörzshajómester, törzshajómester, szakaszvezető, tizedes, őrvezető, honvéd.
A folyamőr-révhatóságok hajóinak árbócain 1925-ig a nemzeti lobogó volt, majd megkülönböztetésül, egységes jelzésként folyamrendészeti lobogót rendszeresítettek, mely sötétkék alapon, kötéllel körbefont, kétkarú horgonyt ábrázolt, felette pedig a színes magyar szentkorona volt.
A békekonferencia döntése alapján az egykori cs. és kir. Dunaflottilla hajói az utódállamok között lettek szétosztva. A monitorok közül öt a Szerb-Horvát-Szlovén Királysághoz, három Románia fennhatósága alá került. Ausztria és a Magyar Királyság négy-négy őrnaszádot kapott meg.
1922 és 1926 között lettek kijavítva és szolgálatba állítva a Magyar Királyságnak ítélt őrnaszádok. Alapvetően mindegyik hajó az eredeti, első világháborús fegyverzetét kapta vissza. Az éltoronyba és a fartoronyba a 7-8 cm űrméretű, H/26 ikerlöveget, illetve 2-3 db 7/12 M Schwarzlose 8 mm űrméretű géppuskát kaptak
1927-1928-ban a folyamőrség őrnaszád állománya hétre nőtt. Ez annak volt köszönhető, hogy Ausztria a neki ítélt négy őrnaszádot anyagi gondok miatt nem tudta rendbe hozni, másrészt az osztrák kormány úgy gondolta, hogy a Duna ausztriai részén nem szükséges ennyi hajót fenntartani. 1927 októberében a Magyar Királyság megvásárolt három őrnaszádot, 1928-ban elcserélt egyet egy másik naszáddal. A négy őrnaszádot egyaránt egy-egy 7 cm H/50-es ikerlöveggel látták el. A hajók 1929-1930 között kerültek a folyamőrség kötelékébe.
Az őrnaszádok felújítása mellett a HM megkezdte az elsüllyedt vagy mozgásképtelen hajók üzembe helyezését, valamint a sértetlen hajók korszerűsítését.
1930-ra a Magyar Királyi Folyamőrség hajóállománya az alábbi módon épült fel: 7 őrnaszád, 5 segédhajó (vontatók, aknahajók stb.) – melyek fegyverzete hajónként 1 db 8 mm-es 7/31 M Schwarzlose géppuska volt, 3 páncélos motorcsónak – melyek fegyverzete hajónként 2 db 8 mm-es 7/31 M Schwarzlose géppuska volt -, 2 gőzbárka, 7 jacht, 8 nagy motorcsónak, 13 kis motorcsónak, 1 hárommotoros motorcsónak, 5 vitorlás, 4-4 tanyahajó és ponton, illetve kilenc uszály.
Ilyen körülmények közepette és hajóállománnyal épült fel a Magyar Királyi Folyamőrség, mely tevékenyen részt vett az 1938-as felvidéki bevonulásban, a délvidéki bevonuláskor kialakult harcokban, valamint 1944-től a magyarországi harci eseményekben is. Összességében elmondható, hogy bár nagy nehézségek árán született meg, mégis megfelelő módon tudta ellátni feladatait.